Weise, Stephan: Integrierte Analyse pflanzenbiologischer Daten unter besonderer Berücksichtigung der Datenqualität. 2009
Inhalt
- Abbildungsverzeichnis
- Tabellenverzeichnis
- 1. Einleitung
- 2. Grundlagen
- 2.1 Grundlagen aus der Informatik
- 2.1.1 Datenbanksysteme
- 2.1.2 Datenmodellierung
- 2.1.3 Entity-Attribute-Value-Ansatz
- 2.1.4 Record Linkage
- 2.2 Grundlagen aus der Biologie
- 2.2.1 Bausteine des Lebens
- 2.2.2 Besonderheiten von Pflanzen
- 2.2.3 Datendomänen
- 2.2.4 Besondere pflanzliche Datenressourcen
- 2.3 Fachübergreifende Grundlagen
- 2.4 Resümee
- 3. Datenintegration und -analyse
- 3.1 Datenintegration
- 3.2 Datenanalyse
- 3.2.1 Datenbanksprachen
- 3.2.2 OnLine Analytical Processing (OLAP)
- 3.2.3 Knowledge Discovery in Databases (KDD)
- 3.2.4 Vorverarbeitung von Rohdaten
- 3.2.5 Transformation von Rohdaten
- 3.2.6 Datamining
- 3.3 Resümee
- 4. Datenqualität in der Pflanzenbioinformatik
- 4.1 Informationstechnische Ursachen für Qualitätsprobleme
- 4.2 Durch die Datengewinnung bedingte Ursachen für Qualitätsprobleme
- 4.2.1 Rohdaten
- 4.2.2 Abgeleitete Daten
- 4.2.3 Zeitlich begrenzte Projekte
- 4.2.4 Manuelle Erfassung von Daten
- 4.3 Konzeptionelle Ursachen für Qualitätsprobleme
- 4.3.1 Bewertungssysteme
- 4.3.2 Informationssysteme
- 4.3.3 Vorhersagemethoden
- 4.3.4 Nichteinheitliche Vokabulare / Methoden
- 4.4 Biologisch bedingte Ursachen für Qualitätsprobleme
- 4.5 Lösungsvorschläge
- 4.6 Resümee
- 5. Untersuchung existierender Integrations- und Analyseansätze
- 5.1 Bewertungskriterien
- 5.2 Gene-EYe
- 5.3 Columba
- 5.4 GeWare
- 5.5 Atlas
- 5.6 BioWarehouse
- 5.7 BioMart
- 5.8 Resümee
- 6. Entwicklung eines Konzepts
- 6.1 Schicht 1: Quelldaten
- 6.2 Schicht 2: Extraktion, (Transformation,) Laden
- 6.3 Schicht 3: Datenpool
- 6.4 Schicht 4: Transformation und Laden
- 6.5 Schicht 5: Analysespezifische Datamarts
- 6.5.1 Verknüpfen von Schemata unterschiedlicher Domänen
- 6.5.2 Verknüpfen der Records unterschiedlicher Domänen
- 6.6 Schicht 6: Analyse
- 6.7 Bewertung des Konzepts
- 6.8 Resümee
- 7. Anwendung
- 7.1 Beschreibung des Anwendungsfalls
- 7.2 Anforderungen
- 7.3 Prototyp
- 7.3.1 Schicht 1: Quelldaten
- 7.3.2 Schicht 2: Extraktion und Laden
- 7.3.3 Schicht 3: Datenpool
- 7.3.4 Schicht 4: Transformation und Laden
- 7.3.5 Schicht 5: Analysespezifischer Datamart
- 7.3.6 Schicht 6: Analyse
- 7.4 Einschätzung des Prototypen
- 7.5 Resümee
- 8. Zusammenfassung und Ausblick
- A Screenshots des Prototypen
- B Quellcodes
- B.1 Bereinigung importierter Daten im Assoziationsmart
- B.2 Abfrage und Export von Daten aus dem Assoziationsmart
- Glossar
- Literaturverzeichnis
- Index