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Gunkel, Manuel: Lokalisationsmikroskopie mit mehreren Farben und ihre Anwendung in biologischen Präparaten. 2011
Inhalt
Einleitung
Motivation
Stand der Technik
Grundlagen
Die optische Abbildung
Geometrische Optik
Wellenoptik
Gaußsche Strahlenoptik
Fourieroptik
Punktverteilungsfunktion (PSF) und optische Transferfunktion (OTF)
Auflösung
Fluoreszenz
Digitale Bilderfassung
Lokalisationsmikroskopie
Theoretisch erreichbare Genauigkeit bei der Lokalisation einzelner Molekülsignale
Der Levenberg-Marquardt-Algorithmus zur Minimierung der quadratischen Abweichung
Methoden zur Lokalisation von Einzelmolekülsignalen
SPDM mit einer geringen Anzahl spektraler Signaturen
SPDM mit Ausnutzung des reversiblen Photobleichens
Photoaktivierung einzelner Moleküle
Photoschalten einzelner Moleküle
Die in dieser Arbeit verwendeten Mikroskope
Der experimentelle Lokalisationsaufbau
Das SMI Vertico
Der Zweifarbenaufbau
Software
Ansteuerung des Schrittmotors
Algorithmen zur Datenauswertung
Auswertung der Daten
Datenaufbereitung
Segmentierung
Anpassung der Modellfunktion
Visualisierungen
Orte2Bild
Orte2StdBild
Orte2WFBild
Nachbarlabel
Weitere Auswertung der Lokalisationsdaten
Bestimmung der axialen Position der Lokalisationsdaten innerhalb einer Zelle / eines Zellkerns
Selektion interessanter Bereiche im Lokalisationsbild
Verfolgung dünner Strukturen im Lokalisationsbild
Clusteranalyse
Bestimmung der axialen und lateralen Verschiebung bei sequentiellen Zweifarben-Lokalisationsmessungen
Zweifarbennachbarlabel
Simulationen zur Clusteranalyse
Simulation der Signalanhäufungen
Clusterbestimmung durch Schwellwertanpassung
Clusterbestimmung durch Anpassung eines gaussian mixture models
Clusterbestimmung durch Nachbarschaftsanalyse
Ergebnisse
Das Tabakmosaikvirus (TMV)
Probenpräparation
Aufnahme und Auswertung der Daten
Lokalisationsmikroskopie von FISH-markierten Präparaten
Die verwendeten Proben
Mikroskopie
Datenauswertung
Untersuchung von Proteinverteilungen im menschlichen Kinetochor
Centromerprotein A (CENP-A)
Centromerprotein B (CENP-B)
Centromerprotein C (CENP-C)
Untersuchung der relativen Verteilung der Centromerproteine
Die Verteilung von Histon-Protein H2A und DNA-Remodeler SNF2h
Die Verteilung von RNA-Polymerase II und Histonprotein H2B
Diskussion und Ausblick
Zusammenfassung
Diskussion
Lokalisationsmikroskopie
Zweifarben-Lokalisationsmikroskopie
Der Zweifarbenaufbau
Ausblick