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Friehs, Karl: Maßnahmen zur Verbesserung der Produktion von rekombinanten Proteinen und Plasmid-DNS. 1999
Inhalt
Einführung
Rekombinante Proteine
Plasmid˚DNS
Theoretische Grundlagen
Gentechnische Methoden im Überblick
Vektoren für E. coli
Genquellen
Übertragungsmechanismen für Plasmidvektoren
Selektion und Analyse von Klonen
Maßnahmen auf Ebene der DNS
Gendosis und Plasmidkopienzahl
Bestimmung der Plasmidkopienzahl
Veränderung der Plasmidkopienzahl
Strukturelle Stabilität
Segregative Stabilität (Plasmidstabilität)
Analytik der Plasmidstabilität
Erhöhung der Plasmidstabilität
Maßnahmen auf der Ebene der Transkription und Translation
Promotoren: Stärke und Regulation sowie Terminatoren
Promotorstärke
Regulation von Promotoren
Artspezifität und Kompatibilität von Promotoren
Promotoren für die Fermentationstechnik
Terminatoren
Boten˚RNS (mRNS) und ribosomale Bindungsstelle
Stabilität der mRNS
Ribosomale Bindungsstellen (RBS)
Start˚Codon, Stop˚Codon, Codon˚Präferenz und Leserahmen
Start˚Codon und Stop˚Codon
Codon˚Präferenz
Leserahmen
Maßnahmen auf Ebene der Proteine
Proteolyse und ihre Reduzierung
Reduzierung der Proteolyse durch Beeinflussung der Proteasenaktivität
Reduzierung der Proteolyse durch Änderungen am rekombinanten Protein
Reduzierung der Proteolyse während der Aufarbeitung
Proteinfaltung
Verbesserung der In˚vivo˚Faltung von Proteinen
Proteinaggregate (Inclusion Bodies, IB)
Posttranslationale Modifikation
Produktheterogenität
Maßnahmen zur Lokalisierung rekombinanter Produkte
Lokalisierung rekombinanter Proteine in Escherichia coli
Sekretionstypen in Gram˚negativen Bakterien
Maßnahmen für den Transport rekombinanter Proteine in das Periplasma von E. coli
Maßnahmen über die Signalsequenz
Co˚Expression von Sec˚Proteinen
Beeinflussung der Faltung im Periplasma
Verankerung von rekombinanten Proteinen an der äußern Membran
Maßnahmen zur Sekretion bzw. zum Export rekombinanter Proteine in das Medium von E. coli
Sekretion bzw. Freisetzung der Proteine aus dem Periplasma
Direkter Export aus dem Cytoplasma über geeignete Sekretionspfade
Spontaner (ungeklärter) Export
Maßnahmen zur Verbesserung der Aufarbeitung
Maßnahmen zur Zellernte und zum Zellaufschluß
Änderungen der Flokkulationseigenschaften
Maßnahmen beim Zellaufschluß von E. coli
Isolierung und Reinigung rekombinanter Proteine
Selektive Fällung
Extraktion in wässrigen Zwei˚Phasen˚Systemen
Chromatographie
Spezielle Affinitätsverfahren
Spaltung von Fusionsproteinen
Qualitätssicherung und Entsorgung von rekombinanten Abfällen
Experimente und Diskussion
Plasmidkopienzahl: Bestimmung und Beeinflussung
Quantifizierung von Plasmid-DNS
Bestimmung der Plasmidkopienzahl mittels Agarosegelelektrophorese
Direkte Densitometrie von Agarosegelen
Densitometrie der Fotonegative von Agarosegelen
Einflüsse bei der Bestimmung der Plasmidkopienzahl mittels Agarosegelelektrophorese
Bestimmung der Plasmidkopienzahl mittels Kapillarelektrophorese
Kapillarelektrophorese von Plasmid-DNS
Plasmidquantifizierung mit Kapillarelektrophorese u. YOYO
Vergleich von Plasmidisolierungsmethoden
Optimierung der DNS-Quantifizierung mittels Kapillargelelektrophorese
Erhöhung der Plasmidkopienzahl durch Runaway-replication
Das ”runaway-replication” System E.€coli JM103 pOU130
Kultivierung von E.€coli JM103 pOU130 und Induktion der Plasmidreplikation
Strukturelle und segregative Plasmidstabilität
Strukturelle Instabilität beim Plasmid pJMC40
Segregative Plasmidstabilität und ihre Bestimmung in der Praxis
Segregative Stabilisierung von Plasmiden über Selektionsdruck
Segregative Stabilisierung über eine spezielle genetische Funktion (par)
Segregative Plasmidstabilität durch hohe Kopienzahl und in einem Mehrplasmid-System
Einfluß des Mediums auf die segregative Plasmidstabilität
Plasmidformen: Bedeutung und Analytik
Plasmidqualität und Qualitätskontrolle
Identifizierung von Plasmidformen mittels Elektronenmikroskopie
Zuordnung von Plasmidformen zu Banden in Agarosegelen
Zuordnung von Plasmidformen zu Signalen der Kapillargelelektrophorese
Trennung von Plasmidformen
Zuordnung von Elektropherogrammsignalen zu Plasmidformen
Vergleich der Mobilitäten von pUC19 in Kapillargelelektrophorese und AGE
Quantifizierung von Plasmidformen
Verunreinigungen durch Nukleinsäuren
Promotoren
Promotorstärke
Induktion von Promotoren
Induktion des lac˚Promotors
Sauerstoffabhängige Promotoren vgb und nirB
Basale Transkription
Experimente zur kontrollierten Expression der Protease La (lon)
Basale Transkription beim vgb˚Promotor
Reduktion der basalen Transkription beim nirB˚Promotor
Lokalisierung rekombinanter Produkte
Klonierung und Lokalisierung der Levanase aus B. subtilis in A. eutrophus
Co˚Expression von Sec-Proteinen
Entwicklung und Einsatz eines E.€coli˚Sekretionssystems
Wirkungsweise des Bacteriocin-Release -Protein bei der Sekretion von Colicinen
Sekretion heterologer Proteine durch Bacteriocin-Release-Protein
Expression des kil-Gens unter Stationärphase˚Promotoren
Sekretion einer (˚Glucanase durch E.€coli bei Anzucht im Bioreaktor
Entwicklung von Sekretionsstämmen von Klebsiella planticola
Produktivität und Sekretion in K. planticola (Rf) mit und ohne Sekretionsfunktion
Fermentation von K. planticola (Rf)-KIL3/19 pRS201L-Tc mit Zufütterung
Verbesserung der Aufarbeitung durch Fusionsproteine
Affinitätschromatographie mit SpA als Fusionskomplement
Konstruktion eines Hisactophilin-GFP Fusionsproteins
Entsorgung und Verwertung von Mikroorganismen
Entsorgung von rekombinanten E.€coli
Inaktivierung durch Desinfektionsmittel
Inaktivierung durch Ethanol
Inaktivierung durch NaOH
Thermische Inaktivierung
Verwertung von mikrobieller Biomasse
Herstellung und Verwertung von Extrakten aus E.€coli-Biomasse
Herstellung und Verwertung von Extrakten aus Bacillus licheniformis-Biomasse
Schlußbetrachtung
Literaturverzeichnis
Abkürzungen & Symbole