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Tönsing, Thorsten: Aufbau eines klassenbasierten Programmpaketes zur Molekulardynamischen Simulation von Gelen am Beispiel des N-Isopropylacrylamid Hydrogels. 2004
Inhalt
Einleitung
Kräfte
Intramolekulare Wechselwirkungen
Intermolekulare Wechselwirkungen
Van der Waals-Wechselwirkung
cutoff-Radius
Elektrostatisches Potential
Kraft-Datenbank
Die Startstruktur
Der Simulationsraum
Strukturbildung im Gitter
Struktur-Datenbank
Strukturbildung im freien Raum
Simulation
Integrations Algorithmen
Zwangskräfte
Thermostate und Barostate
Simulation mit „dynC“
Gele
Die Natur der Gele
Die Synthese von Gelen
Strukturbildung
Simulation
Simulation von Flüssigkristallen
Auswertung und Visualisierung
Visualisierung mit TrajPlay
Analyseverfahren
Die Korrelationsfunktionen
Die Paarkorrelationsfunktion
Die Translationsdiffusion
Die Rotationsdiffusion
Die Spektraldichte
Die Bindungsdynamik der Wasserstoffbrückenbindungen
Auswertung mit SiDAn
Visualisierung mit TTPlot
Auswertung von P-NIPAM
Die Struktur von NIPAM
Analyse der Dynamik
Aufbau von StructC und dynC
Hilfsklassen
Die Klasse CVec3
Die Klasse CPeriodicBox
Die Klasse CAtomGroup
Die Klasse CFileIO
Die Klasse CExceptionMsg
Dynamische Speicherverwaltung
Die Klasse CParseScriptline
Basisklassen
CElement
CAtom
CMolecule
CSimSystem
CForceField
Die Klassen zum Strukturaufbau mit „StructC“
CMoleculeStruct
CSimSystemStruct
CStructMol
CCreateMol
Die Klassen zur Simulation mit „dynC“
CAtomSim
CMoleculeSim
CSimSystemSim
CBondCreate
CBond
CConstraint
CLenardJones
CEwaldSum
Complex
CSimulation
CTrajectory
CMolDynIO
Ausblick
Literaturverzeichnis