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Stemmer, Nina: Alzheimer-Krankheit : Bindepartner und Prozessierung des Amyloid Precursor Proteins. 2008
Inhalt
Erklärung
Inhaltsverzeichnis
Kurzfassung
Abstract
Einleitung
Die Alzheimer-Krankheit
Amyloid Plaques und A Toxizität
Das Zelladhäsionsmolekül APP
Prozessierung von APP
Der nicht-amyloidogene Weg
Der amyloidogene Weg
Mutationen des Amyloid Precursor Proteins
-Sekretase
-Sekretase
Presenilin
Nicastrin
Aph-1 und Pen-2
Das Zelladhäsionsmolekül L1
APP-Bindepartner
Kreatinkinase
Calretikulin
Proteasen
Metzinkine
ADAMs
MMPs
Aufgabenstellung
Material
Allgemeine Chemikalien und Verbrauchsmaterialien
Reaktionskits und Enzyme
Antibiotika
Detergenzien
Inhibitoren
Zelllinien
Basiszelllinien
Stabil transfizierte Zelllinien
Kultivierung und Langzeitlagerung von Zellen
Kultivierung
Langzeitlagerung
E.coli-Stämme
Stammhaltung und Kultivierung von E.coli
Stammhaltung
Kultivierung
Vektoren
Expressionskonstrukte
Antikörper
Primärantikörper
Sekundärantikörper
Metalloproteasen
Peptide
GST-Proteine
Molekulargewicht-Standards
Häufig verwendete Lösungen und Puffer
Methoden
Biochemische Methoden
Eindimensionale SDS-PAGE (Polyacrylamid-Gelelektrophorese)
Trizin-SDS-PAGE
Zymographie
SDS-Gelfärbung
Coomassie-Färbung
Silberfärbung
Immunoblot-Analyse
Elektrophoretischer Transfer von Proteinen auf Nitrocellulose-Membranen
Immunreaktion
ECL-Reaktion
Proteinfällung
Proteinfällung nach Wessel
Acetonfällung
Bestimmung der Gesamtproteinkonzentration (BCA-Test)
Zellfraktionierung
Herstellung eines Mausgehirn-Homogenates
Herstellung der löslichen Fraktion S1 und des „17000 g“ - Sedimentes3 aus Mausgehirn-Homogenat
Isolierung von Fraktionen, angereichert mit Synaptosomen, Myelin, Axolemma und Mitochondrien
Lösen von Membranbestandteilen
Aufreinigung des anti-D-Antikörpers
Isolierung des anti-D-IgG mit Hilfe des DEAE Kit (Bio-Rad)
Isolierung des anti-D-IgG durch Protein A
Konzentration einer Probe
Herstellung einer Säule für die Affinitätschromatographie
Kopplung des anti-D IgG an die Matrix einer CarboLink Säule
Kopplung des anti-D-IgG an CNBr-aktivierte Sepharose-4B
Affinitätschromatographie
Probenvorbereitung für die Sequenzanalyse
Immunpräzipitation
Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA)
Aufreinigung der GST-Proteine
pulldown-Untersuchung
-Sekretasekomplex Isolierung
-Sekretase Aktivitätsbestimmung
in vitro -Sekretaseaktivitätsuntersuchung
Oberflächenbiotinylierung
in vitro-Spaltexperimente
ADAM-vermittelte Spaltung von Fc-Proteinen
Aktivierung von MMP-2
MMP-vermittelte Spaltung von Fc-Proteinen
Molekularbiologische Methoden
PCR
Aufreinigung von PCR-Produkten
Restriktionsverdau
Gelelektrophoretische Auftrennung von DNS
Ligation von DNS
Transformation von Bakterien
Minipräparation von Plasmid-DNS aus E.coli-Bakterienkulturen
Maxipräparation von Plasmid-DNS aus E.coli-Bakterienkulturen
DNS-Isolation aus Agarosegelen
DNS-Reinheitsanalyse und -Konzentrationsbestimmung
DNS-Sequenzierung
Zellbiologische Methoden
Transiente Transfektion
Transfektion mit Lipofektamin
Transfektion mit FuGENE
Magnet Assisted Transfection (MATra)
Aufarbeitung von Zellen und Zellkulturüberständen
Durchflusszytometrie
Primärzellkultur
Beschichtung von Deckgläschen mit poly-L-Lysin (PLL)
Einzelzellkulturen von hippocampalen Neuronen
Immunhistochemie
Theoretische Analyse
Komplementäre Hydropathie
Kyte-Doolittle Hydropathie-Profil
Theorie der molekularen Grundlage komplementärer Peptidinteraktionen
Sequenzanalyse
Ergebnisse
Identifikation APP-bindender Proteine
Studie 1: Identifizierung neuer Bindepartner der APP -Spaltstelle
Charakterisierung der anti-D-Antikörper
Expression von APP in den verschieden Gehirnfraktionen
Charakterisierung der vom anti-D-IgG erkannten Proteine
Affinitätschromatographie
Sequenzanalyse der ausgeschnittenen Proteinbanden
Überprüfen des Vorkommens der identifizierten Proteine in den, durch die Affinitätschromatographie erhaltenen, Elutionsfraktionen
Überprüfen einer möglichen Interaktion der identifizierten Proteine und APP mittels Co-Immunpräzipitation
Überprüfen einer Bindung der Na+-/K+-ATPase und APP mittels ELISA
Überprüfen einer Bindung der möglichen APP-Bindepartner und Presenilin mittels Co-Immunpräzipitation
Studie 2: Charakterisierung der Interaktion von APP und der CK-B
Co-Immunpräzipitation der Kreatinkinase-B und APP
Oberflächenbiotinylierung
Studie 3: Charakterisierung der Interaktion von CRT und APP hinsichtlich APP--Spaltung
Bestätigung der Bindung von CRT und APP mittels Co-Immunpräzipitation
Überprüfen einer Bindung von CRT und C99-APP mittels Co-Immunpräzipitation
Charakterisierung der Bindung von CRT und C99-APP durch Pulldown-Untersuchungen
Überprüfen einer Bindung von CRT und PS1 durch Co-Immunpräzipitation
Bestätigung einer Interaktion von APP, CRT und PS1 mittels Co-Lokalisations-Experimenten
Charakterisierung der Bindung von CRT und PS1 durch pulldownUntersuchungen
Isolierung des -Sekretasekomplexes
Aufreinigung der -Sekretase in vier Schritten
Überprüfen einer Bindung von CRT und NCT, APH-1 sowie PEN-2 mittels Co-Immunpräzipitation
Charakterisierung der Interaktion von CRT und NCT durch Pulldown-Untersuchungen
Analyse eines Einflusses von CRT auf die -Spaltung von APP
Analyse der Zelloberflächenkonzentration von APP mittels Oberflächenbiotinylierung
Analyse der Zelloberflächenkonzentration von APP mittels Durchflusszytometrie
-Sekretase-Aktivitätsbestimmung mittels ELISA
in vitro--Sekretase-Aktivitätsuntersuchung
Analyse des PS1-Einflusses auf CRT
Überprüfen einer Interaktion von CRT und L1 mittels Co-Immunpräzipitation
Charakterisierung der Interaktion von CRT und L1 mittels Co-Immunpräzipitation
Analyse eines CRT-Einflussses auf die Expression und Lokalisation von L1
Prozessierung der Zelladhäsionsmoleküle APP und L1
ADAM vermittelte Spaltung
Gelatinasespaltung
Diskussion
Diskussion der möglichen Bindepartner von APP und der daraus ersichtlichen Funktionen
Kreatinkinase-B: ein APP-Bindepartner? - Kritische Einschätzung der angewandten Methoden
Charakterisierung der Interaktion von APP und CRT
Metalloprotease-vermittelte Spaltung der Zelladhäsionsmoleküle APP und L1
Allgemeine Einschätzung der Ergebnisse
Literatur
Anhang A Akzessionsnummer
Anhang B Oligonukleotide
Anhang C Plasmide
L1-30kDa
L1-ICD
Abkürzungsverzeichnis
Abbildungsverzeichnis
Tabellenverzeichnis
Danksagung