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Harder, Alexander: Optomechanische Untersuchungen an Biomolekülen mittels Rastersondenmikroskopie. 2014
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Inhaltsverzeichnis
Abkürzungsverzeichnis
1 Einleitung
2 Physikalische Grundlagen
2.1 Rastersondenmikroskopie
2.1.1 Rasterkraftmikroskop (AFM)
2.1.2 Messmodi in der Rasterkraftmikroskopie
2.1.3 Optische Nahfeldmikroskopie-Methoden
2.1.4 Optische Nahfeld-Sonden
2.1.5 Aperturloses optisches Rasternahfeldmikroskop (aSNOM)
2.2 Fluoreszenz
2.2.1 Fluoreszenz in der Nähe einer scharfen Scansonde
2.3 Theorie der Kraftspektroskopie
2.3.1 Kalibration des Kraftsensors
2.3.2 Kinetik, Thermodynamik und Kräfte
Dissoziation im thermodynamischen Gleichgewicht
Dissoziation unter einer äußeren Kraft
2.3.3 Slip Bond
2.3.4 Catch Bond
2.3.5 One-State, two-path Catch Bond Modell
3 Biologische Grundlagen
3.1 Glycosaminoglycane
3.1.1 Biosynthese von Glycosaminoglycanen
3.2 Sulfatasen
3.2.1 Humane Sulfatasen
3.2.2 Sulfatasen Sulf1 und Sulf2
3.2.3 Sulfs und ihre Hydrophile Domäne
3.2.4 Physiologische Relevanz der Sulfs
3.3 Desmin
3.3.1 Struktur und Assemblierung
3.3.2 Physiologische Aufgaben
3.4 Tabakmosaikvirus
4 Experimentelle Methoden und Materialien
4.1 Kraftspektroskopie
4.1.1 Biologisches System
4.1.2 Chemikalien
4.1.3 Messvorrichtung
4.1.4 Kraftsensoren
4.1.5 Substrate
4.1.6 Funktionalisierung
4.1.7 Kraftspektroskopische Parameter
Dynamische Kraftspektroskopie
Force Clamp
4.1.8 Auswertung der kraftspektroskopischen Daten
Kraft-Distanz-Kurve
Kraft-Zeit-Kurve
4.2 Optische Rasternahfeldmikroskopie (aSNOM)
4.2.1 Messaufbau
4.2.2 Kurze Bedienungs- und Funktionsanleitung
4.2.3 Scansonde
4.2.4 Farbstoff
4.2.5 Biologische Systeme
4.2.6 Probenimmobilisierung
4.2.7 Abbildungsparameter
4.2.8 Auswertung und Aufbereitung der aSNOM-Daten
5 Ergebnisse und Diskussion
5.1 Kraftspektroskopie
5.1.1 Spezifität der HD und ihrer Subdomänen zu Hep und DS
5.1.2 HD-GAG Dissoziation bei konstanten Ziehgeschwindigkeiten
Verteilungen von Dissoziationskräften der GAG
Bestimmung der thermischen Off-Ratenkonsatnaten
5.1.3 HD-GAG Dissoziation bei konstanten Kräften (Force Clamp)
Verifizierung des Catch Bond Verhaltens
Relevanz der 6-O-Sulfate für das Catch Bond Verhalten
5.1.4 Ansatz für die Beschreibung der Interaktion von HD mit GAG
Two-State Two-Path Modell
5.1.5 Messungen bei niedrigen Belastungsraten für HD mit Heparansulfat
5.1.6 Interpretation der Wechselwirkung zwischen HD und Heparansulfat
Heparansulfat bindet effizienter als Heparin an HD
Fundamentale Indizien für Allosterie
5.2 Optische Rasternahfeldmikroskopie (aSNOM)
5.2.1 Regelung der z-Richtung
5.2.2 Phasengekoppelte Fluoreszenz-Detektion
5.2.3 Auflösungsvermögen des aSNOM
Topografische Auflösung
Optische Auflösung
5.2.4 Das aSNOM als Diagnosewerkzeug
6 Zusammenfassung und Ausblick
Literaturverzeichnis
Appendix
Veröffentlichungen
Danksagung