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Dreischmeier, Katharina: Heterogene Eisnukleations- und Antigefriereigenschaften von Biomolekülen. 2019
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Zusammenfassung
Abstract
Inhaltsverzeichnis
Dissertation101218
1. Einleitung und Motivation
2. Theoretischer Hintergrund und experimentelle Methoden
2.1. Der Nukleationsprozess von Eis
2.1.1. Die Klassische Nukleationstheorie
2.1.1.1 Der Nukleationsratenkoeffizient
2.1.1.2 Statistik des Nukleationsprozesses
2.1.2. Heterogene Nukleation
2.1.2.1 Anforderungen an Eiskeime
2.1.2.2 Modi der heterogenen Eisnukleation
2.1.2.3 Stochastisches und singuläres Modell
2.1.3. Heterogene Eisnukleatoren in natürlichen Systemen
2.1.3.1 Heterogene Eiskeime in der Atmosphäre
2.1.3.2 Eiskeime in biologischen Systemen
2.1.3.3 Weitere heterogene Eisnukleatoren
2.1.3.4 Atmosphärische Relevanz biologischer IN
2.1.4. Eisnukleation in wässrigen Lösungen: Wasseraktivitätsbasierte Eisnukleationstheorie
2.1.4.1 Temperaturabhängigkeit der Wasseraktivität
2.2. Experimentelle Methoden zur Untersuchung der heterogenen Eisnukleation
2.2.1. BINARY (Bielefeld Ice Nucleation ARraY)
2.2.1.1 Aufbau der Messzelle
2.2.1.2 Auswertung mit LabViewTM
2.2.1.3 Probenvorbereitung und Messeinstellungen
2.2.1.4 Temperaturkalibration
2.2.2. Dynamische Wärmestromdifferenzkalorimetrie (DSC)
2.2.2.1 Prinzip der Wärmestromkalorimetrie
2.2.2.2 Inverse Emulsionen in DSC-Messungen
2.2.2.3 Auswertung der DSC-Thermogramme
2.2.2.4 Ratenabhängige Kalibration der Temperatur
2.2.3. Mikrofluidik
2.2.3.1 Probenpräparation für die Mikrofluidikexperimente
2.2.3.2 Messungen am Kryomikroskop
2.2.3.3 Temperaturkalibration
2.3. Antigefriereigenschaften von Molekülen
2.3.1. Eisstrukturierung
2.3.2. Thermische Hysterese
2.3.2.1 Hyperaktive und moderate AF(G)Ps
2.3.3. Eisrekristallisation: LSW-Theorie
2.3.3.1 Eisrekristallisationsinhibierung (IRI)
2.3.3.2 IRI-Konzentrationsabhängigkeit
2.3.4. Molekularer Mechanismus der Eisaffinität
2.3.5. Antigefrier(glyko)proteine
2.3.5.1 TmAFP
2.4. (Mikroskopische) Methoden zur Analyse der Antigefrieraktivität
2.4.1. Eisaffinitätsaufreinigung
2.4.2. Aufbau des Kryomikroskops
2.4.3. Eisstrukturierung
2.4.4. Eisrekristallisationsinhibierung (IRI)
2.4.4.1 Datenauswertung
2.4.4.2 Bildanalyse
2.4.5. Thermische Hysterese (TH)
2.4.5.1 Optische TH-Bestimmung am Kryomikroskop
2.5. Spektroskopie an Biomolekülen
2.5.1. ATR-FTIR-Spektroskopie
2.5.1.1 ATR-Zelle
2.5.1.2 Messeinstellungen und Probenpräparation
2.5.2. UV-VIS-Spektroskopie
2.5.2.1 Messprozedur
2.6. Gelelektrophorese
2.6.1. SDS-PAGE
2.6.1.1 Gelpräparation
2.6.1.2 Coomassie Brilliant Blau
2.6.1.3 Silberfärbung nach Coomassie Blau
2.6.2. Fluorophore‐Assisted Carbohydrate Electrophoresis
2.7. Duale Funktion molekularer Eisnukleatoren und -inhibitoren
3. Ergebnisse und Interpretation
3.1. Birkenpollen
3.1.1. Heterogener Eisnukleator aus Birkenpollen
3.1.1.1 Einfluss gelöster Substanzen auf die Eisnukleationsaktivität
3.1.2. Antigefrieraktivität von Makromolekülen aus Birkenpollen
3.1.2.1 Eisstrukturierung an IAP 2 #B
3.1.2.2 Eisrekristallisationsinhibierung an IAP 2 #B
3.1.2.3 Charakterisierung des Antigefriermoleküls
3.1.3. Analytik an Birkenpollen-Makromolekülen
3.1.3.1 Größenausschlussexperimente
3.1.4. Pollen als Eisnukleatoren und Antigefriersubstanzen
3.1.5. Zusammenfassung Birkenpollen
3.2. Mortierella alpina
3.2.1. Charakterisierung des heterogenen Eisnukleators aus M. alpina
3.2.1.1. Einfluss von gelösten Substanzen auf die Aktivität des Eisnukleators
3.2.2. Antigefrieraktivität von M. alpina
3.2.2.1. Eisstrukturierung an M. alpina-Proben
3.2.2.2. Eisrekristallisationsinhibierung an M. alpina IAP
3.2.2.3. Charakterisierung des eisadsorbierenden Moleküls
3.2.3. IR-Analytik an M. alpina
3.2.4. Zusammenfassung M. alpina
3.3. Antigefrierprotein aus Tenebrio molitor
3.3.1. Eisrekristallisationsinhibierung von TmAFP
3.3.2. Bestimmung der Thermischen Hysterese von TmAFP
3.3.2.1 TH-Messungen an MBP-TmAFP
3.3.2.2 Bilder der Kristallexplosion
3.3.3. Untersuchungen zur Eisnukleationsaktivität von TmAFP
3.3.4. Zusammenfassung TmAFP
3.4. Zusammenhang zwischen Molekülgröße und Eisnukleations- oder Antigefrieraktivität
Literaturverzeichnis
Anhang
A.1. Korrekturfunktionen für K(T)
A.2. Bestimmung der eisanteilkorrigierten Ratenkonstanten
A.3. Primärsequenz von TmAFP
A.4. Erfassung der Thermischen Hysterese mittels DSC
A.4.1. Messprozedur
A.4.2. TH-Messung am Beispiel von AFGP 1-5
A.4.3. Probenpräparation
A.4.4. TH-Messungen am DSC: IAP2 #C und MBP-TmAFP
A.4.4.1. BPWW #C
A.4.4.2. MBP-TmAFP
A.5. Modifizierte Eisaffinitätsaufreinigung am Rotationsverdampfer
A.5.1. Messaufbau für ISP
A.6. Größenverteilung der DSC-Emulsionströpfchen
A.7. Absorptionsbanden sämtlicher Spektren und deren Zuordnung
A.7.1. UV-VIS von BPWW und IAP
A.7.2. IR-Spektren von BPWW
A.7.3. IR und UV-VIS von TmAFP
A.8. Chemische Strukturen der Referenzsubstanzen
A.9. Weitere Analytik an BPWW
A.9.1. Erhitzen des BPWW
A.9.2. Gelierungsexperiment mit CaCl2
A.9.3. Gelelektrophorese für Zuckermoleküle (FACE)
A.10. Weitere spektroskopische Analytik und SDS-PAGE an M. alpina
A.10.1. SDS-PAGE mit M.alpina
A.10.2. UV-VIS-Spektren M. alpina
A.11. Ratenabhängigkeit der heterogenen Eisnukleation in BPWW
A.12. Vergleich zweier Messmethoden zur Erfassung der Thermischen Hysterese
Abkürzungsverzeichnis
Häufig verwendete Formelzeichen
Danksagung
Danksagung