TY  - THES
AB  - Der Begriff "Protein Docking" beschreibt die Frage, ob und wie zwei gegebene Proteine interagieren, ausgehend von der 3D Struktur. Für die Entwicklung von Protein Docking Systemen werden große Testsätze für Training und Validierung benötigt. Die manuelle Erstellung solcher Datensätze kann nicht mit dem exponentiellen Wachstum der Protein Datenbank (PDB) Schritt halten. Eine automatische Methode für die Erstellung von Testdatensätzen auf Basis kombinierter Suchverfahren und Filter wird vorgestellt.
Das Docking System ElMaR besteht aus verteilten, optional parallelisierten Modulen. Durch die Parallelisierung werden Ergebnisse in wenigen Minuten berechnet. Docking Hypothesen werden aufgrund der geometrischen Komplementarität, elektrostatischer Kräfte und der Oberflächenhydrophobizität bewertet. ElMaR berücksichtigt die Flexibilität von Seitenketten und führt dynamische Strafterme für die Bewertung von sterischer Überlappung ein. Die Flexibilitätsmaße werden einerseits aus Statistiken über der gesamten Protein Datenbank, andererseits für jedes Protein einzeln aus Kraftfeldern errechnet.
Für die erstellten Testdaten werden Docking Untersuchungen angestellt, und die Ergebnisse anschließend diskutiert. Die Fähigkeit der Bewertungsfunktion, native von nicht-nativen Proteinkontakten zu unterscheiden, wird anhand von Kristallkontakten erfolgreich untersucht.
DA  - 2003
KW  - Flexibility
KW  - Fourier transformation
KW  - Scientific database
KW  - Fourier-Transformation
KW  - Wissenschaftliche Datenbank
KW  - Docking protein
KW  - Volume model
KW  - Flexibilität
KW  - Volumenmodell
LA  - eng
PY  - 2003
TI  - Soft volume models for protein-protein docking
UR  - https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:hbz:361-4172
Y2  - 2024-11-21T23:06:02
ER  -