Bereits einige Jahre vor der Gründung des Jesuitenkollegs in Münster wurde der Wunsch der Münsteraner Fürstbischöfe Bernhard von Raesfeld (reg. 1557-1566) und Johann von Hoya (reg. 1566-1574), eine Jesuitenniederlassung in ihrer Haupt- und Residenzstadt anzusiedeln, deutlich. Dieser Wunsch konnte allerdings erst durch Gottfried von Raesfeld realisiert werden, der sich maßgeblich für eine Niederlassung der Jesuiten in Münster engagierte. Nach erfolglosen Verhandlungen mit den Jesuiten in Fulda führte Gottfried Gespräche mit den Paderborner Jesuiten, die ihr Interesse an einer Münsteraner Niederlassung signalisierten. Trotz aller Bemühungen konnte die Gründung des Jesuitenkollegs erst nach Gottfrieds Tod im Jahr 1586 erfolgen. Testamentarisch legte er fest, dass sein Vermögen der Gründung der Münsteraner Jesuitenniederlassung zugutekommen sollte. Rund zwei Jahre später – am 13. September 1588 – erhielten die Jesuiten den Stiftungsbrief, in dem sie beauftragt wurden, sowohl den Gymnasialunterricht am Paulinum als auch Vorlesungen für angehende Geistliche und den Klerus der Diözese zu übernehmen.