Mit der Entschlüsselung des menschlichen Genoms entwickelt sich in den Bereichen der medizinischen Diagnostik ein großer Bedarf an schnellen Analysemethoden kurzer Nukleinsäuren. Das Ziel ist dabei die Resequenzierung und die Bestimmung von genetischen Heterogenitäten (u.a. SNPs). Hierzu bietet sich die Kombination von enzymatischen Reaktionen mit MALDI-MS an. MALDI-MS ermöglicht eine sichere Analyse mit der Möglichkeit zur Automatisierung und zeitsparendem Probendurchsatz. Den jedoch derzeit limitierenden Faktor bei der massenspektrometrischen Desoxyribonukleinsäure- (DNA-) Analyse stellt die geringe Stabilität der DNA während des Desorptionsprozesses dar. Eine vielversprechende Alternative stellt die Analyse von Ribonukleinsäure (RNA) dar, da RNA in der MALDI-MS im Vergleich zur DNA in geringerem Maße zur Fragmentierung neigt. Um nun Informationen über die Sequenz der RNA zu erhalten, eignen sich u.a. zwei enzymatische Spaltungsverfahren: die endo- und exonukleolytische Reaktion.