Die Nukleinsäurestruktur der Virulenzfaktoren fimA, rgpA, rgpB, kgp, prtT und tpr wurden mit Hilfe von Sequenz- und Restriktionsanalysen identifiziert. So konnten zum Teil schon bekannte Subtypen nachgewiesen, aber auch neue Allele identifiziert werden. Bei 108 analysierten Isolaten konnten 82 verschiedene Allelkombinationen nachgewiesen werden. Die Berechnung der „Coverage“ zeigte in Übereinstimmung mit der Rarefaction-Analyse, dass die Gesamtdiversität der untersuchten Loci damit erst zu circa. 46% erfasst wurde. Um eine Einschätzung der Populationsstruktur von P. gingivalis vornehmen zu können wurde der standardisierte Assoziationsindex berechnet, der mit einem Wert von 0,0079 nahe an Null liegt. Dies bedeutet, dass die untersuchte Population nahezu das „linkage equilibrium“ erreicht. Ebenso wie die große Anzahl verschiedener Genotypen ist dies ein Indiz für eine fehlende Kopplung der untersuchten Genloci und eine eher panmiktisch geprägte Populationsstruktur bei P. gingivalis.