Die Aktivierung im fMRT bei mentaler Rotation und Synonymbildung wurde untersucht. Mentale Rotation (8 Männer, 7 Frauen, 8 Mann-zu-Frau-Transsexuelle): Die Männer aktivierten parietal und frontal stärker als die Frauen. Weiter superior frontal aktivierten die Frauen stärker als die Männer. Frontal und parietal aktivierten die Männer auch stärker als die MF-TS. Frauen und MF-TS aktivierten im Precuneus und Gyrus frontalis medius rechts stärker als die Männer. Synonymbildung (je 6 Männer, Frauen, MF-TS): Die Männer aktivierten links frontal und präzentral stärker als die Frauen. Die MF-TS aktivierten wie die Frauen links frontal schwächer als die Männer. Temporal links aktivierten Frauen und MF-TS schwächer als die Männer. Männer und MF-TS aktivierten parietookzipital stärker als die Frauen. Zusammenfassend zeigten die MF-TS in vielen Arealen Abweichungen zu den Männern und Gemeinsamkeiten mit den Frauen. Wahrscheinlich haben MF-TS eine von Männern abweichende Hirnorganisation.