Die Semaphorine repräsentieren die größte Proteinfamilie von Signalmolekülen, die an der axonalen Wegfindung im embryonalen Nervensystem beteiligt sind. Für eine spätere Kristallstrukturanalyse wurde die kollabierende Aktivität eines 65 kDa Fragmentes von Sema3A, welches die vollständige Semaphorin-Domäne enthält, bestimmt. Eine auf der Struktur basierende Analyse konservierter Aminosäurereste gab Aufschluss über potentielle Interaktionsstellen, und durch gezielte Mutagenese des Proteins wurden die Bindungsstellen für die Rezeptoruntereinheiten Nrp-1 und Plexin-A1 identifiziert. Weiterhin wurde die Funktion der GTPase RhoD im von Sema3A aktivierten Signalweg untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass die Interaktion von RhoD mit PlexinA1 für die inhibierende Wirkung von RhoD nicht essentiell ist. Vielmehr scheint die Interaktion von RhoD mit dem Protein Diaphanous2C eine wichtige Rolle zu spielen. Zusätzlich wurde eine potentielle GAP-Aktivität von Plexin-A1 für Ras GTPasen untersucht.